体外克隆目的基因的方法
相邻片段的体外克隆目的基因法：
（1）PanhandlePCR法：
在限制酶消化的DNA3’端加一个与未知序列上游已知序列互补的单链引物，从而使经变性后产生的单链DNA分子内聚合，导致己知DNA定位于未知相邻DNA侧翼区段。引物设计是该技术运用的关键所在，所需引物包含-一个与已知序列上游互补的单链引物和两对位于该单链引物两侧与己知序列一-致的引物。
（2）CassettePCR法：
利用Cassette及Casette引物特异性快速扩增cDNA及基因组DNA未知区域的一种有效方法。由于Cassette的5’端没有磷酸基，在目标DNA的3’端和Cassette的5’端的连接部位形成缺口，在第一次PCR反应的第一循环时，从引物C1开始的延伸反应在连接部位终止，从而控制了非特异性的扩增。只有从引物S1开始延伸合成的DNA链，才能成为引物C1的模板，进行DNA的扩增反应。再用内侧引物(引物C2，引物S2)进一步进行第二次PCR反应时，能高效特异性地扩增目的DNA。
目的基因的获取方法
当目的基因的序列已知时：用化学方法合成目的基因，或用聚合酶链式反应（PCR）扩增目的基因。
将含有某种生物的许多DNA片段，导入受体菌的群体中储存。各个受体菌分别含有这种生物不同的基因，称为基因文库。当需要某一片段时，根据目的基因的有关信息来获取目的基因。如根据基因的核苷酸序列、基因的功能、基因在染色体上的位置、基因的转录产物mRNA，以及基因的表达产物蛋白质等特性来获取目的基因。
当目的基因序列未知时：建立一个包括目的基因在内的基因文库，从基因文库中提取目的基因。
用PCR技术扩增技术提取。已知目的基因引物的序列，将整个DNA放入合成仪。只有引物中间的目的基因被大量扩增，即被提取出来。
目的基因的4种获取方法
从基因文库中获取目的基因；cDNA文库；反转录法；人工合成法。目的基因，也称靶标基因，是指在实验中研究或操纵的特定基因。在基因克隆过程中目的基因就是要分离、纯化、克隆并转化到生物体的那个可以带来预期表型性状如抗虫或耐除草剂的基因。
目的基因获得方法是取得含有所需生物学功能或编码所需产物结构基因的DNA片段的方法。1969年贝克威思等从大肠杆菌中分离出了乳糖操纵子DNA，以后有不少科学家用生物学方法、物理化学方法分离出许多纯化的基因。但总的来看为数不多。
1970年首次完成了77对碱基的酵母丙氨酸tRNA基因的全合成；1973年又合成了126对碱基的酪氨酸tRNA的结构基因。但上述两次合成的基因都不能得到表达。1976年8月成功地合成了能表达功能的人工基因——193对碱基的大肠杆菌酪氨酸tRNA基因。自此以后人工合成基因的报道不断出现。
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